Według różnych źródeł, cmentarz żydowski w Szubinie został założony pod koniec XVIII wieku lub na początku XIX wieku, poza miastem, przy obecnej ul. Kcyńskiej. Podczas drugiej wojny światowej teren cmentarza stał się miejscem licznych egzekucji.
Do dziś na powierzchni 0,73 ha zachowało się zaledwie kilka nagrobków. Część terenu cmentarnego została zabudowana. Na cmentarzu znajduje się pomnik ku czci zamordowanych tu obywateli polskich, z napisem o treści: "Miejsce uświęcone męczeńską krwią Polaków rozstrzelanych przez hitlerowców. Wrzesień-październik 1939 r.". Pod koniec 2010 r. działacze Szubińskiego Towarzystwa Kulturalnego podjęli inicjatywę odsłonięcia pomnika, który upamiętni istnienie w tym miejscu cmentarza żydowskiego.